Các triệu chứng lâm sàng của bệnh sỏi thận phải kể đến là:

- Đau âm ỉ thắt lưng khi sỏi đài thận hoặc sỏi san hô chưa gây tắc nghẽn. Đôi khi bệnh nhân không có triệu chứng được phát hiện sỏi thận khi khám sức khỏe định kỳ hay do tăng huyết áp.

- Cơn đau quặn thận điển hình khi sỏi gây tắc nghẽn bể thận niệu quản. Cơn đau lan xuống hố chậu, bìu kèm theo nôn và bụng chướng.

- Đái ra máu do sỏi di chuyển khi vận động hay do nhiễm khuẩn gây tổn thương niêm mạc đài bể thận chảy máu.

- Khi có nhiễm khuẩn tiết niệu: Bệnh nhân sốt cao 38 - 39 độ C, thận to đau, đi tiểu đục và đôi khi gặp tình trạng sốc nhiễm trùng vã mồ hôi, nổi vân tím toàn thân và tụt huyết áp.

- Thăm khám lâm sàng thấy thận to đau khi sỏi thận gây tắc nghẽn ứ nước thận.

- Một số trường hợp bệnh nhân đến muộn khám thấy vùng thắt lưng bên có sỏi thận sưng nề tấy đỏ do sỏi tắc nghẽn gây ứ mủ thận, viêm tấy quanh thận hoặc thấy rò mủ thắt lưng do áp xe quanh thận đã vỡ sau phúc mạc và ra da.